Вокзал включает в себя два направления: Курское (транзитное) и Горьковское (тупиковое).
Большинство транзитных для Москвы поездов проходит через Курский вокзал.
Проход к платформам № 1, 3 и 4, откуда отправляются поезда — через туннели, с нижнего этажа вокзала. На этом же этаже находятся камеры хранения.
К залам ожидания можно подняться на первый этаж по эскалатору.
Пригородные электропоезда Курского направления идут до Царицыно, Щербинки, Подольска, Львовской, Столбовой, Чехова, Серпухова, Тулы. Через вокзал также проходят транзитные поезда с Рижского и Белорусского (Смоленского) направлений.
Пригородные кассы Курского направления находятся на нижнем этаже вокзала. Выход к электричкам Курского направления — там же, через туннель.
Электрички Горьковского направления следуют до станций Реутово, Балашиха, Фрязево, Ногинск, Захарово, Павловский Посад, Электрогорск, Орехово-Зуево, Крутое, Петушки, Владимир.
До станции Железнодорожная ходят пригородные поезда «Спутник».
Пригородные поезда-экспрессы отправляются до Владимира, Павловского Посада и Ногинска.
Кассы и выход к электропоездам Горьковского направления находятся в правом крыле здания вокзала, на первом этаже.